"Şamaxı" Futbol Klubunun tarixi 1997-ci ildən başlayır. Azərbaycanın özəl ali təhsil ocaqlarından olan Xəzər Universitetində həmin il eyniadlı komanda yaradılmış və həvəskarlar liqasının sırasına qoşulmuşdur. Növbəti mövsümdə də (1998/99) "Xəzər Universiteti" Həvəskarlar liqasında oynamışdır.Bir müddət sonra isə klubda struktur dəyişikliyi edilmiş və "İnter-Bakı" Peşəkar Futbol Klubu "İnter" Peşəkar İdman Klubuna çevrilmişdir. Beləliklə, futbol komandasının adı 13-cü çempionatın ortalarından rəsmi şəkildə "İnter" kimi təsdiq olunub.28 oktyabr 2017-ci ildən klub "Keşlə" Futbol Klubu adı ilə fəaliyyətini davam etdirir. 2018-ci ildə klub Azərbaycan Klubunun qalibi olub. 2019-2020-ci illər mövsümünün sonunda "Keşlə" Azərbaycan Premyer Liqasının bürünc medallarına sahib çıxıb və Avropa Liqasında mübarizə aparmaq hüququ qazanıb. İlk mərhələdə Albaniyanın "Laçi" klubu ilə qarşılaşan "Keşlə" oyunsonrası penalti zərbələrindən sonra məğlub olaraq, ilk raundda mübarizəni dayandırıb.2022-ci ildən Şamaxı Futbol Klubu adı ilə fəaliyyət göstərir.